Des études antérieures ont permis de démontrer que des mesures devaient être prises afin de contrôler les populations d'E. coli et de larves de moules zébrées présentes dans l'eau du fleuve. Un système de filtration lente sur sable suivi d'un étang aéré a donc été installé dans une entreprise agricole de l'Île d'Orléans. Bien que l'efficacité du procédé sur ces deux paramètres ait été démontrée, il est possible que le filtre au sable se colmate en raison d'une augmentation de la turbidité de l'eau du fleuve à certaines périodes de la saison et de la prolifération des algues dans la colonne d'eau au-dessus du filtre. Afin de gérer les risques de colmatage, ce projet vise à automatiser le pompage en fonction de la turbidité de l'eau, et de couvrir le filtre de façon à empêcher la lumière de pénétrer dans l'eau et ainsi réduire la prolifération des algues. Ces mesures de contrôle permettront un meilleur transfert de la technologie à d'autres producteurs agricoles désirant s'approvisionner au fleuve. 

Ce projet est réalisé sous la responsabilité scientifique de Caroline Côté.